En 1797, c’est dans la ville d’Iwamura, au sein de la préfecture de Gifu, qu’a été créée la maison éponyme par la famille Watarai. Si les maisons de saké portent traditionnellement le nom de leur fondateur, ici, la famille Watarai avait pour objectif de rendre hommage à l’histoire et au terroir du château local devenu légendaire durant l’ère Sengoku. Ils ont donc préféré donner à la maison le nom de leur localité. Durant l’ère Sengoku, le château était dirigé par une femme, Otsuya no kata, tante du célèbre daimyo Nobunaga Oda. Otsuya no kata, veuve à la beauté inégalée, est connue comme l’une des nseules femmes de l’histoire japonaise à avoir été châtelaine. D’après la légende, lorsque Shingen Takeda, l’ennemi de Nobunaga, assiège le château, c’est Otsuya no kata elle-même (son mari étant décédé) qui le combat afin de défendre le domaine.
Au moment de sa création, Iwamura produisait également du miso et de la sauce soja. C’est pourquoi le nom de la brasserie en japonais est Iwamura jôzô (fermentation/brassage) et non Iwamura shuzô (brasserie). C’est à partir du milieu du XXe siècle qu’elle se consacre exclusivement à la production de saké.